Die Arbeiter auf Seiten der Protoss - die Probes - sind für die Versorgung mit Ressourcen zuständig. Sie sind in der Lage, sowohl Gas als auch Mineralien abzubauen und damit die Economy des Spielers aufrecht zu erhalten. Außerdem besitzen sie die Fähigkeit Gebäude herbei zu warpen. Die Probe leitet dabei lediglich den Startvorgang ein und kann danach normal weiterarbeiten.

Der Zealot ist eine klassische Einheit aus dem ersten Teil von StarCraft. Bewaffnet mit 2 Psi-Klingen und dem neuen Sturmangriff ist der Zealot besonders gegen Fernkämpfer wie beispielsweise Space-Marines sehr effektiv. Größerer Feuerkraft ist der Zealot jedoch meistens schutzlos ausgeliefert und es hilft nur der Rückzug. Ausgebildet werden die Zealots im Gateway der Protoss.

Der Immortal ist eine neue Einheit in den Reihen der Protoss. Sein starkes Verteidigungsschild (Erst nach einem Upgrade verfügbar) und seine durchschlagkräftigen Zwillingsphasendisruptoren machen den Immortal zum perfekten Konter gegen feindliche Belagerungseinheiten wie beispielsweise Siege-Tanks. Gegen Angriffe von leichter bewaffneten Einheiten ist der Immortal jedoch sehr anfällig, was den Einsatz dieser Einheit oftmals auch sehr riskant macht. Zum Bau von Immortals muss ein Twilight Council errichtet werden.

Der Stalker ist eine neue Variante des dunklen Dragoners der Protoss. Durch seine Blink-Fähigkeit ist der Stalker perfekt geeignet, um fliehende Feinde zu jagen oder sich selbst schnell aus brenzligen Situationen zurückziehen zu können. Diese Fähigkeit erlaubt es den Stalkern, sich rasch und unbemerkt aus dem Hinterhalt an den Feind heranzuschleichen, ihn so zu überraschen und dadurch den Sieg zu erringen.

Das Phase Prism ist in der Lage, befreundete Einheiten schnell über schwer zugängliches Terrain zu transportieren bzw. es von dort aus wieder evakuieren zu können, was es zu einer sehr wichtigen Einheit in den Reihen der Protoss macht. Außerdem kann es ein Energiefeld erzeugen, das dem Spieler ermöglicht, Einheiten in dieses Feld zu teleportieren. Fehlende Pylon-Energie kann durch das Phase Prism kompensiert werden.

Der Phoenix ist ein sehr schneller und wendiger Kampfjäger, der vor allem in Überzahlsituationen seine Stärke ausspielen kann. Seine Overload-Fähigkeit erlaubt es ihm, viele feindliche Air-Units gleichzeitig anzugreifen. Die kurze offline Zeit nach Einsatz dieser Fähigkeit, während der man den Phoenix nicht aus der Gefahrenzone entfernen kann, sowie die geringe Panzerung machen den Phoenix jedoch sehr anfällig gegen feindliches Feuer.

Seine sehr langen und beweglichen Beine erlauben dem Colossus, sich über kleinere Abhänge oder Klippen schnell zum Schlachtfeld zu bewegen oder vom selbigen zu flüchten. Bewaffnet ist diese Roboter-Einheit mit einem Zwillings-Theromgeschütz, das vor allem gegen Ground-Units mit wenig Hitpoints (z.B. Zerglings) aufgrund seines Flächenschadens sehr effektiv ist. Diese Fähigkeiten machen den Colossus zur perfekten Unterstützungseinheit für kämpfende Bodentruppen, die zahlenmäßig ihren Gegnern unterlegen sind.

Der Warp Ray ist mit einen sehr durchschlagskräftigen Prismastrahl ausgestattet, der vor allem gegen schwer gepanzerte Einheiten sowie Gebäude effektiv ist. Je länger ein Ziel mit dem Prismastrahl angegriffen wird, desto mehr Schaden verursacht dieser. Besonders anfällig sind die Warpgleiter gegen das Feuer kleinerer Einheiten wie beispielsweise Space-Marines, da sie hier nicht lange genug ein Ziel fokusieren können..

Der Twilight Archon ist eine der mächtigsten Angriffseinheiten der Protoss. Durch die Verschmelzung zweier Templar (Egal ob aus zwei Dark-, zwei High- oder gemischte Templar) entsteht diese äußert kraftvolle Einheit, die ihren Gegner mit der Psi-Schockwelle das Leben schwer macht. Vor allem Fußsoldaten haben dieser Unit meist nichts entgegenzusetzen.

Der Dark Templar, der sich unsichtbar über das Schlachtfeld bewegt, ist mit zwei modifizierten Warpklingen bewaffnet, die ihn besonders gegen feindliche Infanteristen zu einer sehr kraftvollen Waffe macht. Außerdem ist es ihm möglich, sich mit einem zweiten Templar zu verschmelzen und dadurch zu einem Twilight Archon zu werden. Hergestellt wird der Dark Templar im Gateway der Protoss, vorher muss jedoch der Dark Obelisk erichtet worden sein.

Wer kennt sie nicht, die guten alten High Templar aus dem Vorgänger. Zwar haben sie keine Möglichkeit, die Gegner direkt anzugreifen, dafür ist ihr Psi-Sturm jedoch gefürchtet. Dieses beschworene Gewitter macht den High Templar zu einer echten Gefahr für eine große Anzahl von Gegnern. Ebenfalls behalten sie ihre Fähigkeit Halluzinationen von Einheiten zu erschaffen. Zwei Templar können sich zu einem Twilight Archon verschmelzen.

Der Nullifier ist eine schwebende Bodeneinheit. Er wird im Gateway gebaut und benötigt einen Cybernetics Core. Der Nullifier verfügt über einem Beamstrahl als Standardangriff der die Bewegungsgeschwindigkeit der Ziele heruntersetzt. Ebenfalls kann er ein Force Field erzeugen, welches als Barriere dient. Eine weitere Fähigkeit ist Null Void. Null Void kann auf ein Gebiet gezaubert werden und hindert die betroffenen Einheiten am Wirken von Fähigkeiten die Energie benötigen.

Diese unsichtbare Einheit kommt direkt aus StarCraft I. Mit ihren Detektoren kann diese Lufteinheit nicht nur ein Gebiet aufdecken, sondern gleichzeitig auch unsichtbare oder eingegerabene Gegner enttarnen. Der Observer wird in der Robotic Facility erbaut und benötigt vorher ein Null Circuit.

Der Carrier produziert und trägt eine große Staffel von Abfangjägern mit sich umher. Bei Gefahr schwirren sie aus und bereiten ihren Gegnern einen schweren. Die Abfangjäger können nun automatisch gebaut werden, es ist also nicht mehr nötig die einzelnen Jäger selbst zu bauen.

Die wohl eindrucksvollste neue Einheit der Protoss ist zweifellos das Mothership. Diese eher schwerfällige Flugeinheit verfügt über einige sehr kraftvolle Waffen bzw. Fähigkeiten, um die Gegner auszuschalten. Die Time Bomb Fähigkeit kann auf ein Gebiet gewirkt werden und verlangsam alle Geschosse in diesem Gebiet. Eine weitere Fähigkeit ist Planet Cracker. Hier schießt das Mothership Laserstrahlen und verursacht einen hohen Schaden an Bodeneinheiten. Ähnlich wie der Arbiter aus StarCraft I kann das Mothership Einheiten und Gebäude in seiner Nähe unsichtbar machen.