Der Nexus ist das Haupthaus der Protoss. In diesem zentralen Gebäude werden Sonden produziert, die zum Abbau der Ressourcen und Aufbau der Mainbase notwendig sind. Außerdem ist der Nexus die Grundlage für alle nachfolgenden Protoss Gebäude und benötigt zudem keine Pylon-Energieversorgung.

Eines der wichtigsten Gebäude der Protoss ist der Pylon. Er versorgt die Protoss-Gebäude mit Energie und erstellt ein Energiefeld, in das der Spieler eigene Einheiten porteln, bzw. seine Phase Cannons bewegen kann.

Der Assimilator kann nur direkt auf Vespin-Gas-Vorkommen errichtet werden. Erst nach Bau des Assimilators ist es den Sonden möglich, Gas von den natürlich Vorkommen abzubauen.

Das Gateway ist das Hauptproduktionsgebäude für die Bodeneinheiten der Protoss. So werden hier Zealots, Immortal, Stalker, Stasis Orb, High Templar und Dark Templar erbaut. Das Gateway kann zu einem Warpgate upgegradet werden. Das Warpgate ist dann in der Lage die produzierten Einheiten überall auf der Karte erscheinen zu lassen. Am Zielort muss lediglich Energie durch einen Pylon oder Phase Prism verfügbar sein. Die Einheiten erscheinen sofort nach dem Bauauftrag, das Warpgate hat danach jedoch eine Cooldown-Phase, welche genausolang ist wie die normale Bauzeit der Einheit gewesen wäre.

Der Cybernetics Core gewährt Zugriff auf die höheren Technologien Der Protoss. Durch Bau dieses Gebäudes werden Stalkers und Statis Orb zur Produktion freigegeben. Die Robotics Facility, das Twilight Council und das Stargate werden ebenfalls zur Verfügung gestellt.

Die Phase Cannon ist der Verteidigungsturm der Protoss. Dieser kann in einen Energieball verkleinert und innerhalb von Pylonen-Energie bewegt werden. Jedoch ist die Phasenkanone während dieser Zeit leicht angreifbar und sehr empfindlich gegen feindliches Feuer.

Das Twilight Council wird nach Bau des Cybernetics Core verfügbar. Die Grundlage für die Ausbildung der Immortals wird nach Fertigstellung dieses Gebäudes geschaffen. Ebenfalls gewährt das Gebäude Zugriff auf das Templar Archiv und den Dark Obelisk

Der Dark Obelisk schaltet dem Spieler im Gateway die Dark Templar zur Produktion frei. Außerdem werden hier die Technologien der Dark Templar erfoscht.

Nach Errichtung des Twilight Councils können die Templar Archives gebaut werden. Diese ermöglichen den Protoss die Ausbildung der High Templar im Gateway.

In der Robotics Facilitys können Phase Prisms, Observer und Colossus nach Bau der ebenfalls noch notwendigen Buildings (Null Curcuit für Observer, Robotics Support Bay für Colossus) ausgebildet werden. Die genannten Gebäude werden nach Fertigstellung der Robotics Facility verfügbar.

Das Null Circuit, das nach Errichtung des Robotics Facilitys zum Bau freigegeben wird, schaltet die Observer frei, die anschließend in der Robotics Facility gebaut werden können.

Durch den Bau des Robotics Support-Bay wird die Fähigkeit der Robotics Facility erweitert. Es können nach Fertigstellung dieses Gebäudes Colossus hergestellt werden.

Dieses sehr große Gebäude erlaubt es den Protoss, Raumkreuzer und Kampfschiffe zu bauen. Phönix, Warp Ray, Carrier und das Mothership können nach Errichtung der noch benötigten Gebäude dort in Auftrag gegeben werden. Der Fleet Beacon wird ebenfalls freigegeben.

Der Fleet Beacon ermöglicht den Protoss im Stargate das Mothership und den Carrier herzustellen. Verbesserung für den Phönix und das Star Relict können dort ebenfalls erforscht werden.