Die Story von StarCraft II spielt in der fernen Zukunft. Die Menschen im Exil kämpfen am Ende der Galaxie um das pure Überleben. Die Terrans haben es geschafft, durch Spionage, Betrug und militärische Macht eine einheitliche Regierung aufzustellen. Inmitten dieser Ereignisse begannen die Zerg die Invasion der terranischen Welt, gleichzeitig zum Krieg mit den Protoss.


Handlung

Die Handlung im originalen StarCraft dreht sich um die terranische Zivilisation im Koprulu Sektor, welcher von den vorigen gefangenen der Erde, die von der Erde verbannt wurden, gegründet wurde. Die mächtigste Fraktion der Terraner ist das Terraner-Bündniss. Ihr gegenüber stehen andere Fraktionen wie zum Beispiel den Söhnen von Korhal, einer paramilitärische Organisation. Die Ankunft der Zerg, geführt vom Overmind und dessen Zerebraten, verkomplizierte die Angelegenheiten der Terraner in hohem Maße. Der Zergschwarm wurde seinerseits von einer Protoss Flotte verfolgt, die jede Welt niederbrannten, die von den Zerg heimgesucht wurden. Diese Flotte wurde vom hohen Templar Tassadar.


Episode I - Rebellion

Schon gleich zu Beginn der Amtszeit wird der neue Magistrat des Planeten Mar Sara auf die Probe gestellt. Denn die erst kürzlich entdeckten Protoss haben scheinbar grundlos die nahe gelegene Kolonie Chau Sara dem Erdboden gleich gemacht. Mar Sara wird kurzerhand unter Quarantäne gestellt, sämtliche Kolonisten sollen vorsichtshalber in die äußeren Ödländer evakuiert werden.

Die Zerg haben unterdessen eine Basis der Terraner infiltriert. Nach der Zerstörung dieser durch den lokalen Marshall, Jim Raynor, wird er vom Bündnis verhaftet. Doch die Wiederstandsgruppe Söhne von Korhal unter der Führung von Arcturus Mengsk befreit ihn hieraus und Jim geht daraufhin ein wackeliges Bündnis mit ihnen ein. Mit der Zeit wird klar, dass die Konföderation, für die er bis dato gearbeitet hatte, bereitsseit einem Jahr von den Zerg wusste, dies aber nicht bekanntgab. Es wurde nur versucht, die Zerg zu kontrollieren. Anstrengungen, sie aufzuhalten, gab es keine.

Der mittlerweile zum Captain aufgestiegene Raynor kehrt Mar Sara schließlich den Rücken und flieht mit den
Söhnen von Korhal zur von der Konföderation Kolonie Antiga Prime, die Mengsk befreien möchte.
Die Rebellen erfahren durch einen Zufall von dem Absturz des Zerg Flagschiffes Norad II. Sie retten alle Überlebenden des Absturzes und gewinnen dadurch das Vertrauen von General Edmund Duke. Aufgrund der Entdeckung der Pläne eines Psi-Emitters glaubt Mengsk, dass die Zerg ein Produkt der Konföderation sind, um mit ihnen gezielt aufständische Kolonien zu kontrollieren und sich selbst dadurch in den Himmel loben würden. Nachdem Raynor sich mit Tassadar, dem Exekutor der Protoss-Flotte, getroffen hat, beschließt Mengsk, Tarsonis
selbst zu befreien und zwar mit der Hilfe des gefundenen Psi-Emitters. Der Großteil der Verteidigungsanlagen in der konföderierten Zentralwelt Tarsonis wird daraufhin von mehreren Millionen Zerg überrannt und zerstört. Den Versuch der Protoss, die Invasion der Zerg zu stoppen, möchte Mengsk aus Angst, konföderierte könnten entkommen, verhindern. Er selbst ist mittlerweile zu dem Monster geworden, das er ursprünglich hat bekämpfen wollen. Dies wird Jim Raynor schlagartig klar, als Mengsk die Ghost-Agentin Sarah Kerrigan, die beiden nahe stand, siegessicher zurücklässt. Ein weiteres Mal tritt Raynor mit seinen Truppen die Flucht ins Unbekannte an, während sich Mengsk als Imperator der neu organisierten Terraner ausrufen lässt.


Episode II - Overmind

Mittlerweile liegen mit neun der insgesamt dreizehn terranischen Kolonien fast alle in Schutt und Asche. Die Streitmacht der Protoss hat sich zum großen Teil zurückgezogen. Der neue Imperator der Terraner, Mengsk, versucht, in den Ruinen der Konföderation ein neues Imperium zu erschaffen. Währenddessen erhebt sich in der vorigen Hauptwelt der Terraner, Tarsonis, ein neuer Zerebrat. Der Overmind hat diesen dazu auserkoren, seine neueste Schöpfung, die noch im Kokon ruhte, zu beschützen.

Die Bruten von Tarsonis bringen den Kokon zum sich auf dem Planten Char befindlichen primären Schwarmcluster. Obwohl die Protoss-Streitkräfte um Char zerstreut wurden, ist der Weg für die noch ungeborene Kreatur nicht frei von Gefahren. Denn sie strahlt eine Unmenge an Psi-Energie ab, die auch der terranischen Liga unter der Führung von Mengsk nicht verborgen bleibt. Edmund Duke wird damit beauftragt, der Sache nachzugehen, kommt allerdings an die Überzahl an Schwarmkriegern nicht an.

Jim Raynor's Truppen erreichen den Planeten Char noh kurz bevor der Kokon sich öffnet. Es stellt sich heraus, dass sich die ehemals zurückgelassene Sarah Kerrigan in dem gut gehüteten Kokon befand, mittlerweile zu einer Mischung aus Zerg und Mensch mutiert. Doch durch die Erinnerungen an Raynor lässt sie ihn fliehen, anstatt ihn zu töten. Kerrigan hat sich dem Overmind vollkommen hingegeben, doch ihre Psi-Kräfte werden nach wie vor durch das Ghost-Projekt behindert. Damit diese Blockaden behoben werden können, infiltriert Kerrigan ein terranisches Forschungsschiff, um an die benötigten Informationen zu kommen.

Dem erneuten Angriff der Protoss-Flotte sieht Kerrigan gelassen entgegen. Sie will mit dem Anführer Tassadar spielen. Allerdings sind die Protoss stärker als vermutet, denn sie schaffen es, einen der als unsterblich geltenden Zerebraten zu töten. Das außer Kontrolle geratene Blut bedroht selbst den primären Schwarmcluster. Doch der Angriff kann abgewendet werden und der Overmind wendet sich seinem Ziel wieder zu.

Durch die Tötung des Zerebraten durch einen dunklen Templer, kam desssen Geist hierdurch kurzzeitig mit dem Overmind in Kontakt. Dieser erfuhr die genaue, bis dato lange geheimgehaltene, Position der Heimatwelt der Protoss, Aiur. Tassadar entkommt nur knapp einem Hinterhalt und der erweiterte Schwarmcluster begiebt sich auf den Weg nach Aiur, um den Planeten direkt anzugreifen.

Der Schwarm konzentriert sich zunächst darauf, die gut gehüteten Khaydarin-Kristalle in seine Gewalt zu kriegen. Durch diese ist es dem Overmind möglich, sich in uralten Tempelanlagen der Xel'Naga zu manifestieren. Während sich die terranische Liga langsam erholt, erleiden die überraschten Protoss mehrere Niederlagen. Die Chancen, den Angrif der Zerg abzuwehren, stehen denkbar schlecht zumal das Konklave sich strikt weigert, mit den verstoßenen dunklen Templern zusammen zu arbeiten.